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Génomique et Bioinformatique

 

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Les méthodes automatisées utilisées en génomique permettent de déterminer la séquence entière des génomes. 

Le séquençage des grands génomes se pratique dans centres spécialisés tel le génoscope .

Actuellement le séquençage de la plupart des virus connus, des bactéries les plus communes ou des bactéries pathogènes ainsi que celui de quelques animaux ou végétaux est terminée.

En ce qui concerne le génome de l'être humain sa séquence est déchiffrée à 99 %.

Néanmoins ce qu'il reste à déterminer pour le génome de celui-ci est le plus difficile car ce sont des régions sans marqueurs génétiques connus qui ne sont pas déchiffrées à ce jour

 

L' élaboration de programmes informatiques permettants le déchiffrage automatisé de séquences nucléotidiques, la mise des résultats dans des banques de données (dont la plupart sont accessibles pour tout public via internet), et l'élaboration de programmes de recherche d'analogies dans des séquences génétiques constitue le domaine de la bioinformatique.
 

Centres de séquençage et banques de données génétiques

 

S.R.S. 
European Bioinformatics Institute
European Molecular Biology Laboratory

K.E.E.G.

N.C.B.I.
Sanger Institute
Logiciels de génomique de l' Institut Pasteur
 

Exemple simple de recherche dans une banque de données à partir d'une protéine

1ère étape : Aller sur SRS , le serveur de recherche de l' Institut Européen de Bioinformatique, qui intègre de nombreuses banques de données en biologie moléculaire et analyse génomique.

2 ième étape :  Sélectionner une banque de donnée, puis entrer le nom d'une protéine en anglais. exemple : "dopamin receptor".  

Ensuite  cliquez sur  le bouton " search " vous devriez atteindre la séquence en acides aminés de la protéine et/ou la séquence des nucléotides du gène qui la code.

On peut aussi entrer une séquence d'acides aminés ou de nucléotides dans des programmes de recherche tels que Blast ou Fasta et ceux ci vont effectuer automatiquement des recherches d'analogies et des comparaisons de séquences avec les génomes de nombreux organismes.
 

Recherche et comparaison de séquences  

Blast 2

Fasta3

 
 
Génomes complets EBI
Berkeley Drosophila Genome Project
HIV Databases
 

Thèse de doctorat d'université : Analyse du cytosquelette par des approches bioinformatiques à haut débit de génomique comparative et de transcriptomique. J. Muller (2006 ) - fichier .pdf de 8,15 Mo

 

 
 
 

 

                                                     

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